As farmácias de manipulação enfrentam diferentes regras de tributação dependendo da natureza de suas operações. Estes estabelecimentos especializam-se na produção de medicamentos e produtos magistrais de acordo com prescrições ou recomendações de farmacêuticos, sendo esses itens preparados no local e vendidos sob encomenda.
Segundo a Lei Complementar nº 123, de 2006, tais receitas devem ser tributadas sob o Anexo III. Esta classificação se aplica quando os produtos são elaborados de forma personalizada após uma consulta inicial. No entanto, outros tipos de vendas, que não se enquadram nesta especificidade, enquadram-se no Anexo I, que normalmente cobre a maior parte do comércio varejista.
Vale ressaltar que, até a alteração introduzida pela Lei Complementar nº 147, de 2014, a tributação de uma farmácia de manipulação era sempre pelo Anexo I. Com a nova lei, a tributação se diversificou de acordo com a natureza da operação. Até a data desta mudança (8 de agosto de 2014), todos os atos de apuração e recolhimento feitos pelas farmácias de manipulação foram convalidados sob a orientação antiga, protegendo esses negócios de possíveis penalidades por procedimentos tributários equivocados prévios à alteração legislativa.
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